Никто не запрещает включать в счет-фактуру дополнительную информацию. Главное, чтобы это не нарушало форму документа.

Так, указать необязательную, но нужную конкретно вашей компании информацию можно:

- и/или в самом низу счета-фактуры после подписей;

- и/или в табличной части счета-фактуры, но лишь при условии, что такая добавка не нарушает установленную последовательность граф.

Также в своем разъяснении Минфин разрешил указывать дополнительные сведения между строкой 7 «Валюта: наименование, код» и табличной частью счета-фактуры.

Однако, отметим, что в актуальном бланке счета-фактуры после строки 7 «Валюта: наименование, код» есть еще строка 8 «Идентификатор государственного контракта, договора (соглашения) (при наличии)». Так что, очевидно, что эту рекомендацию по размещению допинформации целесообразнее понимать как «между последней строкой шапки и табличной частью счета-фактуры».

Источник: Письмо Минфина от 28.07.2021 № 03-07-09/60435

Кстати, если шапка в счете-фактуры оформлена в виде двух колонок – это не нарушение. Никаких проблем с принятием к вычету НДС по такому документу не будет.