Для этого достаточно воспользоваться сервисом ФНС «Представление налоговой и бухгалтерской отчетности в электронной форме».

Источник: Информация УФНС по Амурской области

Чтобы подать в электронном виде налоговую и/или бухгалтерскую отчетность, нужно:

• получить идентификатор (если не получали ранее) и зарегистрировать сертификат электронной подписи посредством сервиса «Сервис получения идентификатора абонента»;
• установить ПО для создания ЭП;
• установить в ПО для создания ЭП сертификат открытого ключа подписи МИ ФНС России по ЦОД;
• установить в ПО для создания ЭП корневой сертификат ФНС России и список отозванных сертификатов;
• подготовить файл транспортного контейнера (при помощи программного средства «Налогоплательщик ЮЛ»), содержащий зашифрованную на открытом ключе получателя подписанную ЭП налогоплательщика налоговую декларацию (расчет) или бухгалтерскую отчетность;
• передать полученный зашифрованный файл в МИ ФНС России по ЦОД, используя сервис загрузки файла.

Имейте в виду, что подать декларацию по НДС через данный сервис нельзя.