При определении суммы доплаты работнику за временное исполнение чужих обязанностей, размер оклада заменяемого сотрудника значения не имеет.

Источник: Обзор актуальных вопросов от работников и работодателей за июнь 2020 года

Как разъяснил Роструд, размер доплаты, причитающейся работнику за исполнение обязанностей временно отсутствующего сотрудника, действующим законодательством не установлен. Сколько именно платить сотруднику за выполнение чужой работы определяется соглашением между работником и работодателем. Т.е. размер такой доплаты может быть любым. Главное, чтобы конкретный размер полагающейся временному заместителю надбавки был указан в допсоглашении к трудовому договору о поручении работнику дополнительной работы в виде исполнения обязанностей временно отсутствующего сотрудника.

Так что даже если временно отсутствующий директор работает, например, на 0,75 ставки, ломать голову, в каком размере установить заменяющему его работнику доплату (в процентах от полного оклада или фактического), не нужно. Как договоритесь, так и будет.