Если иностранец трудится в обособленном подразделении, заявление о получении уведомления о подтверждении права на уменьшение НДФЛ на сумму уплаченных авансов подается по месту нахождения этой обособки.

Источник: Письмо ФНС от 10.12.2019 № БС-4-11/25288@

Напомним, что общая сумма НДФЛ с доходов иностранцев, трудящихся в РФ на основании патента, исчисляется налоговым агентом и уменьшается на сумму фиксированных авансовых платежей, уплаченных иностранным работником за период действия патента. Уменьшение НДФЛ производится только у одного работодателя по выбору работника. При этом работодателю необходимо получить в ИФНС по месту своего нахождения уведомление о подтверждении права на уменьшение налога.

Уведомление выдается при наличии у налоговиков информации, полученной от территориального органа МВД, о факте заключения налоговым агентом с иностранцем трудового договора или ГПД на выполнение работ (оказание услуг) и выдачи патента. Если иностранный работник трудится в обособленном подразделении организации, то в случае подачи заявления о получении такого уведомления в инспекцию по месту нахождения головного офиса, отличному от места нахождения обособки, возникает риск отказа в выдаче уведомления. Поскольку в ИФНС может отсутствовать необходимая информация.

Так что во избежание возможных проблем, заявление о подтверждении права на уменьшение НДФЛ на сумму авансовых платежей следует представить в инспекцию по месту учета обособленного подразделения, в котором работает иностранец.