В случае, когда продавец не выставил счет-фактуру сразу при отгрузке, при выявлении расхождений в количестве товаров по накладной и по факту, он может оформить первичный счет-фактуру сразу с правильным количеством.

Источник: Письмо Минфина от 10.04.2019 № 03-07-09/25256

По правилам, при изменении стоимости отгруженных товаров из-за изменения цены или уточнения количества товаров, продавец должен оформлять корректировочный счет-фактуру. При этом срок выставления первичного счета-фактуры - не позднее пяти календарных дней со дня отгрузки товара. Причем сам день отгрузки также входит в этот пятидневный срок.

Так вот, по мнению Минфина, в ситуации, когда продавец на дату отгрузки счет-фактуру не выставил, а документы об изменении стоимости товаров по причине изменения их количества составил в срок не позднее пяти календарных дней, считая со дня отгрузки, он может не «городить огород», оформляя и первичный счет-фактуру, и корректировочный документ, а выставить обычный счет-фактуру с указанием реального количества отгруженных товаров.