Если НДС с аванса был исчислен по ставке 18%, то принять авансовый НДС к вычету при отгрузке поставщик должен исходя из ставки 18%. Даже если отгрузка произошла после 01.01.2019 (т.е. в период действия ставки НДС 20%).

Источник: Письмо ФНС от 23.10.2018 № СД-4-3/20667@

В свою очередь покупатель, принявший к вычету авансовый НДС, исчисленный по ставке 18%, при получении предоплаченного товара должен восстановить НДС с аванса ровно в той сумме, которую ранее принял к вычету. Пересчитывать авансовый налог по ставке 20% нельзя.

В случае если до даты отгрузки покупатель «вдогонку» к ранее уплаченному авансу перевел продавцу доплату в размере 2%, то классификация и учет этой доплаты зависит от даты ее перечисления.

Если 2%-я доплата произведена в 2019 году (но до даты отгрузки товара) – эта сумма следует считать доплатой НДС в связи с изменением налоговой ставки (а не дополнительным авансом). Следовательно, продавец должен выставить корректировочный счет-фактуру на разницу между суммой налога по счету-фактуре, составленному ранее с НДС 18/118%, и суммой НДС, рассчитанной с учетом размера доплаты налога.

Если же такая доплата была перечислена до 01.01.2019 – эта сумма расценивается как дополнительная оплата стоимости товара. Соответственно, с этой доплаты (дополнительного аванса) нужно начислить НДС по ставке 18/118% и выставить корректировочный счет-фактуру в связи с изменением стоимости отгруженного товара.