Если НДС с полученной предоплаты был исчислен по ставке 18%, а товар под этот аванс реализовывался и по ставке 18%, и по ставке 10%, продавец не может принять к вычету весь «авансовый» НДС.

Источник: Определение ВС РФ от 21.08.2018 № 310-КГ18-11870

По мнению Верховного суда, принять к вычету НДС с полученного аванса продавец может лишь в сумме, не превышающей сумму налога, которая была исчислена со стоимости отгруженного товара.

А в рассматриваемом случае с аванса организация заплатила большую сумму НДС, чем должна заплатить с отгрузки. Разницу между этими суммами суды назвали «излишне исчисленным налогом» и запретили принимать ее к вычету в периоде реализации.

Единственное, что можно посоветовать в такой ситуации - заранее продумывать, по какой ставке вы будете отгружать товар в счет полученного аванса. Тогда проблем у вас не возникнет.