В случае, когда работник принес уведомление о подтверждении права на имущественный вычет не в I квартале, а, например, в апреле, пересдавать ранее представленный расчет 6-НДФЛ не требуется.

Источник: Письмо ФНС от 17.09.2018 № БС-4-11/18095

По правилам, если гражданин обратился к работодателю за имущественным НДФЛ-вычетом не в январе, а в одном из последующих месяцев календарного года, то НДФЛ по этому работнику пересчитывается с начала года с учетом вычета, а образовавшийся излишек налога возвращается сотруднику.

Как разъяснила ФНС, если уведомление о подтверждении права на имущественный вычет было получено от работника в апреле, операцию по предоставлению вычета нужно отразить в разделе 1 расчета 6-НДФЛ за полугодие, в строках 030 «Сумма налоговых вычетов» и 090 «Сумма налога, возвращенная налоговым агентом». При этом значение строки 070 «Сумма удержанного налога» на сумму НДФЛ, подлежащую возврату, уменьшать не нужно.