Средства, потраченные на модернизацию полностью самортизированого ОС можно учесть в базе по налогу на прибыль. Правда, не единовременно, а через механизм амортизации.

Источник: Письмо Минфина от 11.09.2018 № 03-03-06/1/64978

Как известно, первоначальная стоимость ОС изменяется в случае достройки, дооборудования, реконструкции, модернизации и по иным аналогичным основаниям. Это правило распространяется и на полностью самортизированные основные средства. Т.е. «модернизационные» затраты увеличивают первоначальную стоимость такого актива и, следовательно, амортизацию по нему нужно возобновить.

При этом сумма амортизационных начислений за один месяц в отношении полностью самортизированного, а затем модернизированного ОС рассчитывается как произведение его первоначальной стоимости, увеличенной на стоимость произведенной модернизации, и установленной для этого ОС нормы амортизации.