В случае, когда работник приобретает у организации-работодателя квартиру по цене ниже рыночной, у сотрудника возникает натуральный доход, с которого нужно платить НДФЛ.

Источник: Письмо Минфина от 18.06.2018 № 03-04-06/41470

По общему правилу НДФЛ облагаются все доходы, полученные физлицом как в денежной, так и в натуральной форме. Натуральный доход, среди прочего, возникает при получении гражданином товаров на безвозмездной основе или с частичной оплатой.

Следовательно, если работник купил у работодателя квартиру, заплатив только часть ее рыночной стоимости, он фактически получает доход в натуральной форме. Размер полученного дохода определяется как разница между рыночной стоимостью квартиры и суммой, которую работнику за нее заплатил.

Обратите внимание, что поскольку источником дохода в данном случае является российская организация, у нее возникают обязанности налогового агента по НДФЛ. Соответственно, если купивший квартиру сотрудник продолжает трудиться у работодателя-продавца квартиры и получать зарплату, работодатель обязан удерживать НДФЛ, начисленный с «квартирного» дохода, из зарплатных сумм. Если же никаких выплат в пользу «физика» после покупки квартиры организация не производила, она обязана в установленном порядке уведомить ИФНС и гражданина, получившего доход, о невозможности удержать и перечислить в бюджет налог.