Даже если изначально ГПД был заключен между физлицом и головной организацией, обязанности налогового агента по НДФЛ в отношении выплат по такому договору может исполнять филиал.

Источник: Письмо ФНС от 17.05.2018 № БС-4-11/9423@

Как известно, организации, имеющие обособленные подразделения, уплачивают НДФЛ как по месту нахождения головного офиса, так и по месту нахождения каждой из обособок. Причем сумма НДФЛ, подлежащая уплате в бюджет каждым ОП, определяется исходя из доходов, выплаченных этой обособкой физлицам.

Так вот в случае, когда исполнение контрольных функций, а также ведение бухучета по договору, заключенному между «физиком» и головным офисом, фактически передано обособке, этому же подразделению можно делегировать и обязанности НДФЛ-агента. Правда, для этого необходимо оформить соответствующее допсоглашение к договору с физлицом-исполнителем.

А вот уведомлять налоговиков об изменении места исчисления и уплаты НДФЛ не требуется.