Первичный документ, составленный одним контрагентом в электронном виде и подписанный им электронной подписью (ЭП), второй контрагент также должен заверить ЭП.

Источник: Письмо ФНС от 23.04.2018 № ЕД-4-15/7760

ФНС предупреждает, что при оформлении двустороннего документа (т.е. требующего подписей обеих сторон) контрагенты не могут заверить его разными способами (один — электронной подписью, а другой — собственноручной). С точки зрения закона «Об электронной подписи» это будет нарушением.

Обратите внимание, что требование к видовому единообразию не распространяется на правила хранения счетов-фактур. Ведь счет-фактура подписывается только одним из контрагентов. Так что Налоговая служба не против того, чтобы продавец, отправивший счет-фактуру покупателю на бумажном носителе, у себя хранил электронную версию документа, подписанную электронной подписью.