В случае, когда до оформления трудового договора работник сотрудничал с компанией на основании гражданско-правового договора, при расчете пособия по временной трудоспособности выплаты по ГПД учитывать не нужно.

Источник: Информация Амурского регионального отделения ФСС

По общему правилу пособия по временной нетрудоспособности исчисляются исходя из среднего заработка застрахованного лица, рассчитанного за два календарных года, предшествующих году начала нетрудоспособности.

При определении среднего заработка, исходя из которого рассчитывается «больничное» пособие, учитываются все виды выплат и иных вознаграждений в пользу физлица, на которые начислялись взносы на ВНиМ. А поскольку вознаграждения, выплачиваемые по ГПД, взносами на ВНиМ не облагаются, то в расчете пособия по временной нетрудоспособности они никак не участвуют.