В случае, когда сотрудники ИФНС с нарушением срока составили акт об обнаружении налогового правонарушения в соответствии с п.1 ст.101.4 НК РФ, это само по себе не означает, что принудительно взыскать с нарушителя штраф нельзя. Срок давности для такого взыскания определяется в общем порядке.

Источник: Письмо ФНС от 01.02.2018 № СА-4-7/1894@

По правилам, лицо, совершившее правонарушение в сфере налогов, не может быть привлечено к ответственности, если со дня совершения такого нарушения или со следующего дня после окончания периода, в течение которого нарушение было совершено, и до момента вынесения решения о привлечении к ответственности прошло три года и более.

Т.е. важно, успели ли налоговики в течение трехлетнего срока вынести решение о наказании. Соответственно, если несмотря на опоздание с составлением акта, решение было вынесено до истечения срока давности для привлечения к ответственности, требование о принудительном взыскании налоговых санкций правомерно.