В случае, когда работодатель выдал увольняющемуся работнику заработную плату в большем размере, чем следовало, и не стал требовать вернуть переплату, никаких дополнительных действий, связанных с НДФЛ, производить не нужно.

Источник: Письмо Минфина от 26.12.2017 № 03-04-06/86736

С зарплатных сумм работодатель должен удержать и перечислить в бюджет соответствующую сумму НДФЛ. Соответственно, если в результате пересчета зарплаты, уже выданной работнику при увольнении, выяснилось, что сотруднику была выплачена излишняя сумма, у работника возникает задолженность по зарплате перед работодателем, а у самого работодателя – переплата по НДФЛ.

Если бывший сотрудник не возвращает работодателю зарплатную переплату, организация списывает с баланса долг работника в установленном порядке.

При этом у бывшего работника возникает облагаемая НДФЛ материальная выгода в сумме прощенного долга. Но поскольку налог с суммы излишка уже был удержан и уплачен при выплате ему некорректно рассчитанной зарплаты, платить налог еще раз не требуется ни компании, ни ее бывшему сотруднику.