Если компания, получившая аванс за будущую поставку товара, была реорганизована в форме выделения, а выделившаяся организация сразу же присоединилась в другому юрлицу, сумма полученного аванса перекочует в НДС-базу фирмы, образованной в результате слияния (присоединения).

Источник: Письмо Минфина от 27.09.2017 № 03-07-11/62598

Естественно, при условии, что обязанность по отгрузке товара, за который был получен аванс, также перешла к конечному правопреемнику.

При этом НДС, начисленный при получении аванса, может быть принят к вычету первоначальной компанией после перевода на правопреемника обязательств, связанных с реализацией предоплаченного товара. А правопреемник, в свою очередь, должен увеличить базу по НДС на авансовую сумму. Если бы реорганизация ограничилась только выделением, то таким правопреемником была бы выделившаяся компания. Но поскольку выделение и слияние произошли одновременно, то обязанность по начислению авансового НДС переходит в порядке правопреемства юрлицу, реорганизованному в форме присоединения.