Расходы на модернизацию полностью самортизированного ОС списываются в "прибыльных" целях не единовременно, а через механизм амортизации.

Источник: Письмо Минфина от 02.10.2017 № 03-03-06/2/63775

Как известно, при линейном методе начисления амортизации сумма ежемесячных амортизационных отчислений определяется как произведение первоначальной (восстановительной) стоимости объекта амортизируемого имущества и нормы амортизации, определенной для этого объекта. Модернизация (а также, достройка, дооборудование, реконструкция) основного средства увеличивает его первоначальную стоимость.

Соответственно, в отношении полностью самортизированного, а затем модернизированного ОС сумма начисленной за один месяц амортизации рассчитывается как произведение его первоначальной стоимости, увеличенной на стоимость произведенной модернизации, и установленной для этого ОС нормы амортизации.