Сумма возмещения компанией работнику его расходов на погашение ипотечного кредита не облагается НДФЛ. Но лишь в пределах установленного лимита.

Источник: Письмо Минфина от 03.10.2017 № 03-04-06/64194

Дело в том, что от обложения НДФЛ освобождается только та часть возмещенных работнику ипотечных процентов, которая учтена организацией-работодателем в базе по налогу на прибыль. Согласно НК, такое возмещение учитывается в «прибыльных» расходах в размере, не превышающем 3% суммы расходов на оплату труда. При этом предельный размер расходов на компенсацию «жилищных» процентов, учитываемых в «прибыльной» базе, рассчитывается нарастающим итогом ежемесячно с начала налогового периода, исходя из общей суммы расходов на оплату труда.

Соответственно, если сумма возмещения оказалась больше этой предельной величины, с суммы превышения нужно исчислить НДФЛ.