Письмо Минфина России от 01.07.2010 № 03-04-06/8-138

Организация, имеющая обособленные подразделения, должна исчислять, удерживать и уплачивать в бюджет НДФЛ как по месту своего нахождения, так и по месту нахождения каждого обособленного подразделения (абз. 2 п. 7 ст. 226 НК РФ).

Если организация имеет несколько обособленных подразделений в одном муниципальном образовании на территориях, подведомственных разным налоговым органам, и стоит на учете по месту нахождения одного из них по своему выбору, то НДФЛ с доходов работников всех обособленных подразделений этого муниципального образования должен быть перечислен в бюджет по месту учета выбранного подразделения.

Если организация встала на учет в налоговых органах по месту нахождения каждого своего обособленного подразделения, то и НДФЛ следует перечислять в бюджет по месту учета каждого обособленного подразделения, разъяснил Минфин России.